Le Service Hospitalier de l'Ordre de Malte Suisse (SHOMS) s'articule autour d'une organisation à double niveau, alliant pilotage central et ancrage de terrain.
Le Conseil assure la gouvernance globale, la stratégie et la coordination générale des activités de l'association. En parallèle, les sections cantonales et régionales déploient les actions sur le terrain de manière autonome, permettant ainsi de répondre aux besoins spécifiques des bénéficiaires au plus près des communautés locales.